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xxdiff es una herramienta de fusión y comparación de directorios y archivos gráficos basada en QT.Proporciona la comparación de dos archivos, tres archivos.
Sitio web:
http://furius.ca/xxdiff/Categorias
Alternativas a xxdiff para Linux

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SmartSynchronize
SmartSynchronize es una herramienta de comparación de archivos y directorios multiplataforma.Le permite comparar archivos o realizar combinaciones de 3 vías, ambas con la capacidad de editar el contenido del archivo.