VMD es capaz de trabajar con estructuras muy grandes hasta los límites de la memoria disponible.Las versiones de 64 bits de VMD permiten cargar trayectorias de simulación de gran tamaño y gran escala de tiempo en la memoria física y acomodar grandes conjuntos de datos volumétricos.La simulación de la cápside del VIH de 64 millones de átomos descrita en la edición del 30 de mayo de 2013 de Nature es un ejemplo de primera clase de lo que se puede hacer con VMD en una estación de trabajo de gráficos debidamente equipada.El modelo de VIH-1 se preparó para la simulación utilizando las herramientas de construcción de estructuras y las características de secuencias de comandos de VMD se utilizaron más tarde para el análisis de trayectoria.La estructura de todos los átomos de la cápsida del VIH-1 que se muestra en la portada de Nature se renderizó dentro de VMD utilizando el motor interno de trazado de rayos Tachyon, y luego se compuso con una representación artística de la envoltura viral y el texto de la portada de Nature....