Prototipo 1: el juego se desarrolla en la ciudad de Nueva York, donde una plaga virulenta conocida como Blacklight se está extendiendo por Manhattan.Los infectados se transforman en monstruos horribles de forma variable, con un impulso incontrolable de matar a todas las formas de vida no infectadas.En el centro está el protagonista, Alex Mercer, un cambiaformas increíblemente poderoso que no recuerda su pasado.Paralelo a la historia del juego está la capacidad de jugar como un videojuego de estilo sandbox que le da al jugador la libertad de recorrer Manhattan.Prototype es un videojuego de acción y aventura de mundo abierto desarrollado por Radical Entertainment y publicado por Activision.El juego se lanzó en América del Norte el 9 de junio de 2009, y en partes del sudoeste de América del Norte, así como en Oceanía el 10 de junio, y se lanzó en Europa el 12 de junio ... Trama El juego sigue a Alex J. Mercer, quien se despiertaen una morgue en el sótano de Gentek, una compañía de ingeniería genética con sede en Manhattan, enviando a un par de científicos que estaban a punto de realizar una autopsia.Alex escapa y es testigo de los disparos de los científicos por parte de agentes militares.Alex es descubierto y atacado ... Prototipo 2: El juego presenta a un nuevo protagonista, James Heller, en una búsqueda para destruir el virus Blacklight.La historia también es de venganza, ya que Heller quiere matar a Alex Mercer, protagonista del prototipo original, después de que su familia fue asesinada en el brote del virus Blacklight.Trama 14 meses después de Prototype, Manhattan ha sido puesta en cuarentena nuevamente, debido a un segundo brote, uno mucho peor que el primero, y bloqueado en los otros distritos de la ciudad de Nueva York, que pasó a llamarse Nueva York Zero (NYZ).Los distritos de Nueva York se han dividido en tres zonas, la zona roja, amarilla y verde.Cada región representa cuán afectada está la ciudad de Nueva York por el virus Blacklight.La mayoría de los distritos de New York Zero han sido infectados.James Heller tendrá misiones en cada zona y la dificultad de cada misión dependerá de la zona en la que se encuentre.