Mark of the Ninja consiste en plataformas 2D orientadas al sigilo.El personaje debe escabullirse a través de una serie de entornos mientras se mantiene fuera de la vista de los guardias y realiza derribos silenciosos.Los niveles se dividen en áreas de luz y oscuridad;el personaje jugador es invisible mientras está en el último.Los sonidos como correr también pueden revelar la ubicación del personaje del jugador y se representan visualmente mediante un círculo que se expande rápidamente.Inusual para un juego de plataformas, Mark of the Ninja emplea una línea de visión mecánica, lo que significa que los enemigos que serían invisibles para el personaje también son invisibles para el jugador, aunque sus sonidos se representan en la pantalla de la misma manera que el personaje del jugador... Al acercarse a los enemigos sin ser detectados, el personaje del jugador puede ejecutar una muerte de un solo golpe.Para facilitar esto, el jugador puede extinguir las fuentes de luz, esconderse detrás de los objetos y atravesar rejas estrechas y pozos inaccesibles para los enemigos.Si se detectan, deben evadir a sus enemigos y permanecer fuera de la vista durante un período determinado, después del cual los enemigos volverán a sus posiciones originales y las ejecuciones de un solo golpe serán posibles una vez más.Los enemigos responden a su entorno y a los demás;harán sonar una alarma si ven al personaje del jugador o encuentran un cuerpo, lo que alertará a todos los enemigos en el área.Si escuchan un sonido o vislumbran al personaje jugador, sospechan, muestran un signo de interrogación sobre su cabeza y buscan activamente al personaje jugador.Trama: La historia del juego comienza con un ataque de una fuerza armada en una base ninja.El personaje principal sin nombre, desmayado después de recibir un tatuaje, es despertado por una ninja llamada Ora.Al reunir su equipo, el ninja puede derrotar a los soldados y salvar a su maestro, Azai, junto con sus otros compañeros.Azai le cuenta sobre el poder de su tatuaje y la leyenda que lo rodea, explicando cómo la tinta proviene de una flor especial del desierto que otorga habilidades especiales, pero a un costo ...