Javadoc es una herramienta de Sun Microsystems para generar documentación API en formato HTML a partir de comentarios de documentos en el código fuente.
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Doxygen es una herramienta para generar documentación a partir de fuentes anotadas de C ++, así como otros lenguajes de programación populares como C, Objective-C, C #, PHP, Java, Python, IDL (CORBA ...